Осторожно спойлер:
Посередине киносюжета «Код Да Винчи» располагается педагог символогии Роберт Лэнгдон, который оказывается вовлечен в расследование таинственной гибели куратора Лувра Жака Соньера. Действие разворачивается в Париже, и, приехав на место преступления, Лэнгдон обнаруживает, что Соньер оставил за собой ряд таинственных подсказок, которые могут привести к сокровищу, связанному с историей христианства. Совместно с криптологом Софией Невё они начинают дешифровать знаки и коды, оставленные Соньером.
По мере продвижения следствия Лэнгдон и Невё сталкиваются с многочисленными препятствиями. Их преследует таинственная организация, известная как Труд Деи, которая жаждет заполучить секреты, утаенные в загадках Соньера. При этом они раскрывают классические тайны, связанные с Артуром и Святым Граалем, что ставит под сомнение устоявшиеся верования и многозначительные факты. Каждое новое открытие приводит их в всё более опасные ситуации, где каждая ошибка может стоить жизни.
Герои путешествуют по различным значимым местам, начиная с Лувра и заканчивая церковью Сен-Сюльпис, где они пытаются собрать все улики воедино. Их поиски останавливаются не только на разгадке, но и на борьбе против времени, поскольку они понимают, что их действия могут изменить понятие о религии и истории на века. Напряжение нарастает, и иногда они начинают осознавать, что не все, кто им помогает, находятся на их стороне, и реальная опасность может исходить от тех, кого они не ожидают.